A Anistia Internacional apontou um aumento no número de violações aos direitos humanos em Honduras desde a deposição do presidente Manuel Zelaya. De acordo com a organização, a polícia estaria detendo manifestantes contrários ao governo provisório. Teria havido denúncias de maus tratos por parte dos manifestantes. No entanto, a ONG lembra que os detidos são liberados em pouco tempo.

Violações teriam acontecido também no interior do país, onde o governo provisório mantém tropas do exército para vigiar as estradas. Os militares estariam impedindo a locomoção de grupos de direitos humanos pelo país.

Além da Anistia Internacional, o governo dos Estados Unidos enviou um grupo da Comissão Interamericana de Direitos Humanos para investigar a situação dos direitos humanos no país.